Task Farming atomarer, einfacher Grid-Jobs: Dynamo

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Motivation

Die meisten Wissenschaftler erwarten folgendes von einem Grid: Eine grosse Zahl von Rechenknoten und einen leichten Weg um einfache, unabhängige Jobs darauf laufen zu lassen. Der Zugriff sollte flexibel, aber einfach sein, und die Installation sollte weniger als einen Tag dauern.
Die Dynamo-Skripte sind exakt für diesen Zweck entworfen. Das Paket war ursprünglich eine Anwendung für magnetohydrodynamische Simulationen (siehe Anwendung ), wurde aber weiter entwickelt, so dass es in allgemeinerer Weise genutzt werden kann.

Ausführungssequenz

Das Paket startet eine beliebige Zahl von seriellen, unabhängigen Rechnungen auf dem D-Grid aus einem Shell-Skript, das nur eine Seite umfasst.

Ablauf:

Ein Program wird zusammen mit den Eingabedaten und Optionen auf eine Grid-Ressource geladen, z. B. in der Regel einen Clusterknoten.
Das Binary wird ausgeführt (ein Gridjob "stage in"). Dieser Prozess wird so oft wiederholt, wie Input-Datenverzeichnisse vorhanden sind. Das Skript verwendet den Globus Toolkit 4-Befehl globusrun-ws.
Wenn die einzelnen Runs beendet sind, wird der Output zu der verschickenden Maschine zurückgeschickt (ein "stage out").

Verwendung des Pakets

Dieses einfache Prinzip kann für viele wissenschaftliche Anwendungen adaptiert werden, in denen eine große Anzahl von Eingabedaten oder Parameter abgearbeitet werden muss. Das Skript lässt sich in weniger als einem Tag verstehen und auf auf ein anderes Programm anwenden. Mögliche Anwendungen sind Datenverarbeitung, Modellfits oder andere theoretische Rechnungen. Wenn eine große Anzahl von Runs benötigt wird, bei denen sich jeweils die Parameter ändern, das Hauptprogramm aber gleich bleibt, dann ist das "Dynamo"-Skript-Paket eine geeignete und schnelle Lösung, die mit wenig Aufwand durch den Nutzer zum Laufen gebracht werden kann.

Realtime-Visualisierung eines "Dynamo"-Runs
Dargestellt ist die Magnetfelddichte an der Oberfläche eines Modellsterns und in seinem Querschnitt

Zum Herunterladen der Skripte und für weitere Details siehe die Links oben auf der Seite.